Após a construção dos seminários de Brusque e de Corupá, em outubro de 1944, o Revmo. P. Celso Michels, SCJ, chega a Rio Negrinho, por indicação dos Superiores, com a missão de construir, aqui, uma Escola Apostólica, conforme o plano de desdobramento do Seminário de Corupá que já não comportava sozinho a grande quantidade de seminaristas.
Aos 11 dias de dezembro de 1948, com a obra concluída, chegava ao Seminário o futuro reitor, P. João Batista Prost, acompanhado do P. João Bücher.
Aos 4 dias de janeiro de 1949, celebra-se a primeira missa na capela do Seminário. Tudo era muito simples, mas em nada os padres foram negligentes com os requisitos da liturgia romana. Não havia bancos, sineta, via-sacra, mas havia as paredes caiadas de branco e a fé daqueles padres que sabiam que, no povoado de Rio Negrinho, município de São Bento do Sul, a Congregação dos Padres do Sagrado Coração de Jesus dava o pontapé inicial em uma história longa, quiçá infinita.
Em 14 de janeiro de 1949, a imagem de São José é entronizada no seminário. No dia 27, chegam os dois primeiros alunos, os demais chegariam entre os dias 1 e 2 de fevereiro. No dia 13 de fevereiro começam as aulas, ministradas no próprio seminário.
Aqui, foram desenvolvidas várias etapas de formação inicial, o postulantado, a formação dos irmãos religiosos, e por fim, a partir do ano 2001, tornou a receber os alunos do antigo 2º grau, agora chamado de Ensino Médio.
Atualmente, no Seminário São José funcionam as etapas iniciais do processo formativo dos seminaristas de nossa Província Brasileira Meridional: seminário menor e propedêutico. Contamos, atualmente, com 18 seminaristas, provenientes dos estados do Paraná, Santa Catarina, Rio Grande do Sul e Rondônia. Além deles, moram aqui 4 religiosos que auxiliam na formação destes seminaristas.
Aos beneméritos vanguardeiros desta importante obra, Revmo. P. Celso Michels, seu arrojado construtor, e Revmo. P. João B. Prost, seu primeiro reitor, bem como aos esforçados Padres Professores, Diretores, Irmãos e Aspirantes, que perolaram de suores cada palmo de terra deste canteiro abençoado, onde brotam por anos as flores férteis de vocações sacerdotais, recebam o preito das mais sinceras e calorosas homenagens de toda a Província Brasileira Meridional dos Padres do Sagrado Coração de Jesus.